Michael Scherer studierte Physik in Heidelberg und Grenoble. 2010 schloss er seine Promotion an der Friedrich-Schiller-Universität Jena ab, forschte anschließend als Postdoktorand an der RWTH Aachen University und der Universität Heidelberg, wo er sich 2015 habilitierte. Im Rahmen eines Stipendiums der Deutschen Forschungsgemeinschaft verbrachte er mehrere Monate als Gastwissenschaftler an der Simon Fraser University in Kanada. Anschließend kehrte er als Nachwuchsgruppenleiter und Privatdozent an die Universität Heidelberg zurück und wechselte 2017 an die Universität zu Köln, wo er als Principal Investigator im Sonderforschungsbereich „Control and dynamics of quantum materials“ forschte. Seit Januar 2022 hat er an der Ruhr-Universität Bochum die Heisenberg-Professur für Theoretische Physik, insbesondere Festkörperphysik korrelierter Systeme, inne, gefördert von der Deutschen Forschungsgemeinschaft.
In seiner Forschung arbeitet Michael Scherer daran, basierend auf der atomaren Struktur eines Materials dessen Eigenschaften vorhersagen zu können. Dabei ist er auch auf der Suche nach neuen exotischen Materialien, deren Eigenschaften durch starke Korrelationen zwischen den Teilchen entstehen. Diese starken Korrelationen sorgen dafür, dass das Kollektiv der Teilchen Charakteristika besitzt, die sich nicht erklären lassen, wenn man die Teilchen einzeln betrachtet. Magnetismus und Supraleitung entstehen etwa auf diese Weise.