Bis zu 70 Exzellenzcluster werden gefördert, mit jeweils drei bis zehn Millionen Euro. Bis zu 15 Universitäten oder Verbünde werden gefördert. Universitäten können pro Jahr 10 bis 15 Millionen Euro erhalten, Universitätsverbünde 15 bis 28 Millionen Euro.
Seit Januar 2019 werden 57 Exzellenzcluster für zunächst sieben Jahre gefördert. Am 1. Februar 2024 hat das Expertengremium 41 Skizzen ausgewählt, die einen Vollantrag für die Förderphase ab 2026 stellen dürfen. Alle derzeit geförderten Exzellenzcluster können Fortsetzungsanträge stellen.
Seit November 2019 erhalten in der Förderlinie „Exzellenzuniversitäten“ elf Förderfälle – zehn Einzeluniversitäten und ein Verbund – Mittel aus der Exzellenzstrategie. Die bestehenden Exzellenzuniversitäten/ -verbünde werden 2025/2026 evaluiert. Sollten bereits geförderte Exzellenzuniversitäten die notwendige Anzahl an Exzellenzclustern nicht erreichen beziehungsweise im Rahmen der Evaluation Ende 2025 negativ bewertet werden, können die freiwerdenden Plätze nachbesetzt werden. Die Nachbesetzung erfolgt im Rahmen der ohnehin vorgesehenen Ausschreibung für bis zu vier Neuanträge.